Южно-Африканская епархия образована решением Священного Синода от 29 декабря 2021 г. (журнал № 100) в составе Патриаршего экзархата Африки.

Сфера пастырской ответственности — Южно-Африканская Республика, Королевство Лесото, Королевство Эсватини, Республика Намибия, Республика Ботсвана, Республика Зимбабве, Республика Мозамбик, Республика Ангола, Республика Замбия, Республика Малави, Республика Мадагаскар, Республика Маврикий, Союз Коморских Островов, Объединенная Республика Танзания, Республика Кения, Республика Уганда, Республика Руанда, Республика Бурунди, Демократическая Республика Конго, Республика Конго, Габонская Республика, Республика Экваториальная Гвинея, Демократическая Республика Сан-Томе и Принсипи.

В состав Южно-Африканской епархии был включен ставропигиальный приход Московского Патриархата в Южно-Африканской Республике. Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла от 20 августа 2024 года храму преподобного Сергия Радонежского усвоен статус кафедрального собора Южно-Африканской епархии.

Титул правящего архиерея: «Йоханнесбургский и Южно-Африканский».

Временный управляющий — митрополит Каирский и Северо-Африканский Константин.